Vua Chiêm – Ba Đích Lại sai tướng Chế Sất Nan cầm quân chống cự bị thua, sai cậu là Bố Điền dâng một con voi trắng, một voi đen và phẩm vật xin dâng Chiêm động (phần phía nam Quảng Nam ngày nay).

Vua nhà Hồ ép sứ giả phải đổi tờ biểu, buộc Chiêm Thành nạp cả động Cổ Luỹ nữa (phần phía bắc Quảng Ngãi ngày nay).

Họ Hồ chia đất Chiêm động và Cỗ Lũy động làm 4 châu : Thăng, Hoa, Tư, Nghĩa, trực thuộc lộ Thăng Hoa của nước Đại Ngu, ở đầu nguồn đặt trấn Tận Ninh cử Nguyễn Cảnh Châu làm An phủ sứ lộ Thăng Hoa, bổ Chế Ma nô đa nan Cỗ Lũy huyện Thượng hầu để trấn giữa 2 châu Tư, Nghĩa.

Năm 1406 quân Minh sang xâm lược và thống trị nước ta: Hồ Hán Thương thua chạy. Nhân cơ hội này, Chiêm Thành đem quân chiếm lại Chiêm động và Cổ Lũy động.

Đời Minh thuộc (1407-1427) dưới quyền cai trị của Trương Phụ và Mộc Thanh, phủ Thăng Hoa tuy có đặt quan nhưng Chiêm Thành vẫn còn Trưởng lộ, nhà Minh chỉ ghi tên không mà thôi.

Đầu nhà Lê (1428) 2 châu Tư và Nghĩa tuy thuộc nhà vua nhưng chỉ trên danh nghĩa, không bị trực tiếp cai trị, vẫn ở ngoài vòng pháp chế. Để ngăn chận những vụ cướp phá của người Chiêm, triều Lê phải nghĩ đến việc đem đại binh chinh phạt.

Tháng giêng năm 1446, vua Nhân Tông sai Đô đốc Lê Thọ, Tổng quản Lê Khả, Thiếu phó Lê Khắc Phục đem hơn 60 vạn quân đi đánh Chiêm Thành. Quân nhà Lê thừa thắng kéo đến Thị Nại. Tháng 4, quân Nhà Thọ đánh Trà Bàn thắng lớn, bắt vua Chiêm là Bí Cai, phi tần, bộ thuộc, ngựa voi, võ khí và hàng tướng đem về. Cháu của vua Bố Đề là Ma Ha Qui Lai đã hàng, sai bề tôi dâng biểu xưng thần nên được lập làm vua (1446-1449).

Năm 1467, vua Chiêm Trà Toàn đem quân quấy nhiễu Hoá Châu. Năm 1470, tháng 8, lại đem hơn 10 vạn quân thuỷ bộ, voi, ngựa, ra đánh Hoá Châu lần thứ hai. Kinh lược sứ Thuận Hoá là Phạm Văn Hiển chống cự không nổi phải cấp báo triều đình.

Vua Lê Thánh Tông quyết định thân chinh, trưng 26 vạn tinh binh, ban 24 điều lệnh, sai Thái sứ Định Liệt Thái bảo Lê Niệm làm Chánh lỗ tướng quân lãnh thuỷ quân đi trước. Ngày Tân Tỵ, vua cáo Thái miếu, thân xuất đại quân đi theo, đến miền Thiết Sơn (Nghệ An) gặp nhau. Năm 1471 vua đóng quân ở Thuận Hóa.

Đại quân đến cửa biển Tân Ấp (hiện Đại Ấp Tam kỳ). Ngày 5 tháng 2 vua Chiêm Trà Toàn sai em đem 6 viên tướng và 5.000 quân, 100 voi lẻn đến bức dinh trại. Vua Lê mật sai Tả du kích tướng quân Lê Hy Cát, Hoàng Nhân Thiểm và Tiền phong tướng quân Lê Thế, Trịnh Văn Sái đem hơn 500 chiến thuyền, 3 vạn tinh binh ban đêm vượt biển vào cửa Sa Kỳ (thuộc Bình Sơn Quảng Ngãi) lập đồn lũy để chận đường về của quân Chiêm. Ngày hôm sau, vua đem hơn 1.000 chiến thuyền và 7 vạn tinh binh ra biển gióng cờ, đánh trống hò reo tiến tới, mặt khác tướng quân bộ binh Nguyễn Đức Trung đã đem quân chiếm các đường ven núi.

Quân Chiêm liệu chống cự không nổi giày xéo nhau, tan vỡ bỏ chạy về Trà Bàn, đến núi Mộ Nộ ở phía tây cửa Sa Kỳ gặp quân Lê Hy Cát, quân Chiêm hoảng hốt chạy ngang lên núi cao, bỏ lại người, ngựa, lương thực đầy đống. Bấy giờ vua Lê Thánh Tông đến Thể Cần (cửa Sơn Trà hiện nay, đông bắc quận Bình Sơn) cho binh tiến đánh, chém hơn 300 đầu, bắt sống hơn 60 người. Được tin em thua, Trà Toàn sai một người trong hoàng gia đến xin hàng. Vua Lê cũng sai sứ giao thiệp nhưng vẫn tiến binh. Ngày 27, vua thân xuất đại quân đánh Thị Nại, chém hơn 100 người. Ngày 28, vua tiến binh đến Trà Bàn, ngày 29 đến dưới thành, vây mấy vòng, sai quân làm thang leo lên. Ngày Mồng 1 tháng 3 hãm thành Trà Bàn, sai quân leo thang vào phía cửa Đông chém hơn 4 vạn, bắt Trà Toàn và hơn 3 vạn người, ngày mùng 2, ban sư.

Chiếm được Chiêm đô Trà Bàn vua Lê Thánh Tông tổ chức lại việc cai trị các châu Thăng, Hoa, Tư, Nghĩa từng lọt vào tay Chiêm Thành từ thời Minh thuộc. Vua cho người Chiêm đầu hàng là Ba Thái làm Đồng tri phủ Đại Chiêm, Đa Thuỷ làm Thiêm Tri phủ, lại sai Đỗ Tử Qui làm Đồng tri châu coi việc quân, dân ở Đại Chiêm, Lê Ỷ Đà làm tri châu Cổ Luỹ.

Năm Hồng Đức thứ 2 (1471), tháng 6, vua Thánh Tông lấy đất Chiêm Thành vừa chiếm lại đặt đạo Thừa tuyên Quảng Nam. Đạo Thừa tuyên nầy là 1 trong số 13 đạo thừa tuyên trong nước, thống lãnh 3 phủ, 9 huyện trong đó có phủ Tư Nghĩa gồm 3 huyện: Bình Dương (sau đổi thành Bình Sơn), Mộ Hoa, (đời Thiệu Trị đổi Mộ Đức) và Nghĩa Giang (năm Thành Thái chia đất Nghĩa Giang nhập vào huyện Nghĩa Hành và phủ Tư Nghĩa).

Năm Hồng Đức thứ 21 (1490) vua Thánh Tông cải chia nước làm 13 xứ, đổi thừa Tuyên làm xứ, mỗi xứ đặt sở Thủ ngữ Kinh lược sứ.

Xứ Quảng Nam lãnh 3 phủ, 9 huyện trong đó có phủ Tư Nghĩa gồm có 3 huyện: Nghĩa Giang 12 tổng, 93 xã; Bình Sơn 6 tổng, 70 xã; Mộ Hoa 6 tổng, 5 xã.

Tháng 10 năm Mậu Ngọ 1558 đời vua Anh Tông, Đoạn quận công Nguyễn Hoàng vào trấn phủ Thuận Hoá, năm 1570 kiêm lãnh trấn Quảng Nam.

Năm Hoằng Định thứ 5 (1604) cải đặt và đổi tên các khu vực hành chánh Thuận Quảng, đổi phủ Tư Nghĩa thành Quảng Nghĩa phủ đặt chức tuần vũ, khám lý nhưng cũng thuộc Quảng Nam dinh.

Đời Nguyễn Tây Sơn (1788-1802) cải đặt và đổi tên các khu vực hành chánh Thuận Quảng, đổi phủ Tư Nghĩa thành Hoà Nghĩa phủ.

Năm 1802, vua Gia Long khôi phục Hoà Nghĩa phủ đặt tên là Quảng Nghĩa dinh, các chức quan cai trị gọi là Lưu thủ, Cai bộ, Ký lục.

Năm Minh Mạng thứ 13 (1832) chia đặt tỉnh hạt, đổi trấn làm tỉnh. Trấn Quảng Nghĩa đổi thành tỉnh Quảng Nghĩa và đặt 2 ty Bố án (Bố chánh và Án sát) thống thuộc với Quảng Nam. Năm 1834 lại gọi là Nam trực tỉnh.

Năm Thành Thái thứ 2 (1890) ngoài 3 huyện Bình Sơn, Chương Nghĩa và Mộ Đức thuộc phủ Tư Nghĩa thời Nguyễn, thực dân Pháp đặt thêm 3 châu: Sơn Tịnh, Nghĩa Hành, Đức Phổ thuộc Nghĩa Định Sơn Phòng. Năm 1900 triệt bãi Sơn Phòng, đổi 3 châu ấy làm 3 huyện do tỉnh kiêm quản đặt chức Tuần vũ, bổ chức Bố chánh, cai trị 1 phủ : phủ Tư Nghĩa, Bình Sơn, Mộ Đức, Nghĩa Hành, Sơn Tịnh, Đức Phổ gồm tất cả 24 tổng, 426 xã, thôn ấp, trại.

Từ 1909 đến cuối của triều Nguyễn (1945) miền Trung châu Quảng Ngãi được chia thành 4 phủ : Bình Sơn, Sơn Tịnh, Tư Nghĩa, Mộ Đức : 2 huyện Nghĩa Hành, Đức Phổ gồm 21 tổng, 403 làng. Miền thượng được chia thành 4 nha : Trà Bồng, Sơn Hà, Minh Long, Ba Tơ với 27 tổng, 199 “nóc”; miền Trung duyên hải có nha Lý Sơn 2 làng.

– Từ ngày 9-3-1945 đến 19-8-1945 tổ chức hành chánh không đổi mấy, chỉ thay đổi trên danh từ: Tuần vũ gọi là tỉnh trưởng, ở huyện gọi là huyện trưởng, chức Chánh, Phó sứ thời Pháp do một cơ quan hiến binh Nhật đảm trách.

– Từ ngày 19-8-1945 đến ngày 1-11-1954 (ngày hội nghị trung giả quyết định chuyển giao quyền cai trị trong khuôn khổ hiệp định chuyển giao quyền cai trị trong khuôn khổ hiệp định Genève (ngày 20-7-1954)

Thời kỳ đầu của cuộc tổng khởi nghĩa toàn dân năm 1945, tỉnh Quảng Ngãi được đổi tên là tỉnh Lê Trung Đình, phủ Tư Nghĩa đổi thành phủ Nguyễn Thụy(Sụy), xã Chánh Lộ lấy tên xã Nguyễn Viện v.v… Về tổ chức, lập liên xã, bỏ các làng cũ. Nhưng, sau một thời gian thay danh hiệu tỉnh, huyện , tổng, xã đều lấy lại tên cũ. Các phủ, huyện, nha trong tỉnh đều gọi tên thống nhất là huyện, gồm tất cả 10 huyện, tổng, 124 liên xã. Đảo Lý Sơn nhập vào huyện Bình Sơn nhưng năm 1952 bị quân Pháp chiếm đóng sát nhập hải đảo vào thị xã Đà Nẵng.

Năm 1947, uỷ ban hành chánh các cấp đổi tên là uỷ ban kháng chiến hành chánh có thêm hai uỷ viên chỉ định ngang, tất cả 7 người. Ngoài ra ở cấp tỉnh có các cơ quan chuyên môn và quân sự:
– Một Tỉnh đội Dân quân.
– Ty Công an nhân dân
– Ty thông tin tuyên truyền.
– Ty Kinh tế.
– Ty Tài Chánh.
– Ty Trực địa (thuế quan, trực thu và địa chánh).
– Ty Công thương.
– Ty Mậu dịch.
Đến năm 1952 có thêm Ban Thuế nông nghiệp.

– Từ 1 tháng 11 năm 1954 đến nay (1971) Tỉnh Quảng Ngãi được chia thành 10 quận: Bình Sơn, Sơn Tịnh, Tư Nghĩa, Nghĩa Hành, Mộ Đức, Đức Phổ (quận trung châu); Trà Bồng, Sơn Hà, Minh Long, Ba Tơ (quận thượng). Số xã trong toàn tỉnh có thay đổi, năm 1968 có 158 xã; năm 1970 theo sự sát nhập của Bộ Nội Vụ 122 xã, 319 ấp. Hai xã ở hải đảo Lý Sơn sát nhập quận Bình Sơn lấy tên Bình Vĩnh, Bình Yến. Xã Cẩm Thành nằm giữa tỉnh lỵ, trước kia thuộc quận Tư Nghĩa hiện đã tách rời, trực thuộc Toà Hành Chánh tỉnh.

Ranh giới Quảng Ngãi lúc còn là phủ Tư Nghĩa dưới đời vua Lê Thánh Tông, từ năm Hồng Đức thứ 2 (1471) giáp phủ Hà Đông (Tam Kỳ) phái nam sông Bến Ván tới đèo Bình Đê.

Hiện nay ranh giới Quảng Ngãi chạy từ phía Nam dốc Sỏi, xã Bình Thắng (Bình Sơn) đến giữa đèo Bình Đê thuộc xã Phổ Châu (Đức Phổ).

Trải qua nhiều thế kỷ, dân tộc Chiêm từng lấy miền đất nầy làm thành lũy ngăn chận cuộc Nam tiến của dân tộc Việt. Hiện nay tại địa phương còn vài di tích lịch sử, thỉnh thoảng đồng bào vẫn còn đào được nhiều tượng đá với nét khắc tuyệt mỹ, tiêu biểu cho nền văn minh Chiêm Thành.

Đến Quảng Ngãi, du khách vẫn còn nghe một số tên địa phương chỉ tên sông như: Trà Khúc, Trà Bồng, chỉ cửa biển: Sơn Trà. Những tên nầy có giọng Chiêm vì tiếng Trà do chữ Phạn Jaya, một dòng họ vua Chiêm trong 4 họ chính thống On, Ma, Trà, Chế. Hiện ở xã Tư Hòa, quận Tư Nghĩa còn nhiều gia đình mang dòng họ Chế với ngôi mộ tiền hiền của họ. Nhà thờ họ Chế ở thôn Đông Mỹ (ấp Mỹ Viên) còn giữ được sắc phong của Triều Nguyễn (Bảo Đại).

Phong trào di dân vào Quảng bắt đầu từ nữa thế kỷ 15 khi Hồ Quý Ly ra lệnh cho dân có của mà không có ruộng ở Nghệ An đem vợ con vào ở để khai khẩn, lại mộ người có trâu đem nạp, cấp cho phẩm tước để lấy trâu cấp cho dân cày. Đời Lê Thánh Tông, sau khi thắng Chiêm về cũng có xuống chiếu mộ dân và đã có những người dân ở vùng Nghệ vượt biển di cư vào Quảng. Ngoài những phần tử tình nguyện trên còn có hạng bị bắt buộc phải di cư vào đất Quảng. Ấy là những tù nhân bị kết án lưu đày, tù xử tội lưu đi cận châu thì sung vệ quân ở Thăng Hoa, đi ngoài châu thì sung vệ quân ở Tư Nghĩa.

Đã hơn 500 năm, khi tiến vào Nam, công cuộc di dân bén rễ và bành trướng nhanh chóng. Dân tộc dựa trên ý thức quốc gia, cơ sở gia tộc và nhất là khả năng đồng hoá đặc biệt của mình để sinh tồn.

Và xứ Quảng, miền Ấn Trà ngày nay, phần đất của quê hương Việt là chứng tích lịch sử trong quá trình Nam tiến của dân tộc.